这主要是由于盆中的水苔长期过湿造成的。蝴蝶兰是肉质根系，耐一定的干旱，但不耐长期的渍涝，盆中基质长期湿度较大时，根系就容易腐烂。解决方法是将蝴蝶兰脱出盆后安置与有阳光的地方晒2~3个小时，但中午温度过高时不要晒，避免叶片灼伤。晒时应用报纸或树叶等遮盖蝴蝶兰的叶片，只晒根系和空盆，水分蒸发至九成干时就可以收起，这样还可以消毒杀菌。蝴蝶兰发生烂根现象，只要在较好的光照下晒几个小时即可，但一定要在晒时翻面一下，不要只晒一面。以后浇水要见干见湿，不要总让基质过湿。
除此之外，发生烂根也可以在盆中浇灌药液，如甲基托布津、百菌清、代森锰锌等，一般以800~1000倍液为宜。但在家庭之中一般不会采用，因为会污染空气。